Šaknys — Radices. Šaknimis augalas ima iš dirvos medžiagas ir jomis įsitvirtina. Kai kurių vaistinių augalų žalia imama visa požeminė dalis. šaknys ir šakniastiebiai, pavyzdžiui, valerijonų. Paruoštų valerijonų vaistinė žaliava vadinama. Gaminant vieną ar kitą vaistinę žaliavą iš požemius augalų dalies, reikia žinoti, kokia yra joje svarbiausia veiklioji medžiaga, gerai pažinti augalų biologiją, nes nuo minėtųjų savybių daugiausia priklauso augalų rinkimo laikas ir žaliavos kokybė. Augalus, kurių požeminėse dalyse svarbiausi yra saponinai, tanidai ir į juos panašios medžiagos, geriausia kasti prieš žydėjimą. Iš tokių augalų paminėtini: vaistinis putoklis (Saponaria officinalis), mėlynasis polemonas (Polemonium coeruleum), gyvatžolė (Polygonum bistorta) ir kt.
Jei požeminėse augalų dalyse svarbiausia medžiaga yra inulinas, krakmolas, gleivingosios medžiagos, tokius augalus geriausia kasti vėlai rudenį, nes šiuo laiku minėtųjų medžiagų būna daugiausia. Iš tokių augalų paminėtini: švelnioji ybiškė (Althaea officinalis), paprastoji varnalėša (Arctium tomentosum) ir kt.
Požeminės dalys paprastai kasamos baigiantis augalų vegetacijai, nors veikliųjų medžiagų ne visuomet tuo laiku būna daugiausia. Priešingai, literatūroje vis dažniau pasirodo teiginių, kad veikliųjų medžiagų biologinis aktyvumas geresnis tada, kai augalai kasami žydėjimo pradžioje. Tačiau šis klausimas pastaruoju metu yra tiriamas.
Šakniastiebiai — Rhizomata. Tarp šakniastiebių ir šaknų yra didelis morfologinis skirtumas. Šakniastiebiai daugiausia yra vegetatyvinio dauginimosi organai, iš dalies — maisto atsargų sukrovimo vieta.
Tipinga šakniastiebių žaliava gaminama iš balinio ajero (Acorus calamus), paprastojo varpučio (Agropyrum repens), mėlynojo vilkadalgio (Iris germanica) ir kt. Šakniastiebiai vaistinei žaliavai ruošti kasami 3—5 metų ir senesnio amžiaus augalų. Šakniastiebių kasimo laiką sąlygoja augalų ekologinės augimo vietos. Pavyzdžiui, balinio ajero šakniastiebius galima kasti tiktai vidurvasarį, kada ežerų ir upių vanduo būna žemiausiame lygyje. Kai kurių augalų iškasti šakniastiebiai tuojau nuvalomi (pašalinamos šaknys ir žievė), pavyzdžiui, vilkadalgio, ajero ir kt.
Gumbai — Tuberi. Gumbai — augalų vegetatyvinio dauginimosi organai, kuriuose sukraunamos maisto medžiagos. Vaistinių augalų, duodančių žaliavai gaminti gumbus, tokių paminėtini: mėlynoji kurpelė (Aconitum napelras), gegužraibė (Orchis) ir kt. Mėlynosios kurpelės gumbai kasami augalams vegetaciją pabaigus, o gegužraibių — žydint, nes tuo laiku augalai lengviausiai randami ir patogiausia juos iškasti. Gegužraibių iškasti gumbeliai, tuojau nuo jų nuvalius žemes, dedami 3—5 minutėms į verdantį vandenį, kad jie nustotų gyvybingumo. Išėmus iš vandens, greitai džiovinami.
Svogūnai — Bulbi. Svogūnas yra labai sutrumpėjęs augalo stiebas, apsuptas storų mėsingų lapų, kuriuose yra susikaupusios maisto medžiagos. Iš tokių augalų yra visiems gerai pažįstamas valgomasis svogūnas (Allium cepa), česnakas (Allium sativa), jūrinis svogūnas (Šcilla maritima) ir kt. Žaliavai ruošti svogūnai kasami augalams pabaigus vegetaciją, t. y. stiebams bei lapams nudžiūvus.
Daugumos augalų iškastos požeminės dalys apvalomos — nuplaunamos. Tačiau dėl greito veikliųjų medžiagų ekstragavimosi bei gleivėjimosi kai kurių augalų šaknų bei gumbų plauti nepatariama. Vengiama plauti ybiškių šaknis, gegužraibių gumbelius ir kt.
Plauti reikia visuomet kaip galima greičiau (plaunamą žaliavą kuo trumpiau laikyti vandenyje). Nuplauta žaliava tuojau plonai paskleidžiama, kad vanduo nuvarvėtų ir šiek tiek apdžiūtų paviršius. Be to, nuplautą žaliavą reikia susmulkinti, kad greičiau ir vienodžiau džiūtų; storos šaknys skaldomos išilgai, tačiau masinėje gamyboje piaustoma mašinomis atitinkamo stambumo gabaliukais, skersine kryptimi.
Džiovinimas yra ne kas kita, kaip žaliavos konservavimas, t. y. Žaliavoje esamos drėgmės pašalinimas iki tokio kiekio, kad jų negestų ilgesnį laiką. Paprastai džiovinant iš žaliavos išgariname drėgmę iki 10—12%.
Vaistinės žaliavos džiovinimas gamyboje yra labai svarbustechnologinis procesas, nes nuo jo labai priklauso žaliavos kokybė. Džiovinama dviem būdais: natūraliai ir apšildomose džiovyklose. Žaliavą, kurioje veikliosios medžiagos, pavyzdžiui, įvairūs eteriniai aliejai, savo prigimtimi yra lakios, geriausia džiovinti natūraliose sąlygose, o apšildomose džiovyklose — ne aukštesnėje kaip 30—35° C temperatūroje. Žaliavas, kuriose veikliosios medžiagos yra alkaloidai, gliukozidai ir kitos joms panašios, reikia džiovinti dirbtinėje temperatūroje — ne žemesnėje kaip 50—60° C.
Požemines augalų dalių veikliosios medžiagos yra lakios, galima džiovinti tiesiog tokioje, kad saulės spinduliai neskaidytų veikliųjų medžiagų, augalų paminėtina ajerų šakniastiebiai (Rhizoma Calami), debesylo (Radix Inulae), valerijonų šaknys (Radix Valerianae) ir Tiesioginėje saulės atokaitoje negalima džiovinti vilkadalgio šaKniastiebių (Rhizoma Iridis). Jie džiovinami labai iš lėto ir pavėsyje, nes džiūvimo metu žaliavoje turi veikti enzimai, skaldą medžiagas iki mums reikalingos medžiagos — irono; saulėje bei apšildomose džiovyklose fermentai žūva ir žaliava gaunama menkavertė.
Žaliavą, kurioje veikliosios medžiagos yra širdies grupės gliukozidai bei alkaloidai, reikia džiovinti apšildomose džiovyklose, nes šioje žaliavoje yra fermentų, kurie skaldo veikliąsias medžiagas iki biologiškai neveiklių medžiagų. Todėl svarbu kuo greičiausia tuos enzimus-fermentus padaryti neveikliais. Kadangi fermentai yra baltyminės prigimties medžiagos, tai aukštoje temperatūroje jie koaguliuoja krėsi ir todėl negali skaldyti svarbių gliukozidų.
